วัดคลองเตยใน ถูกสร้างขึ้นเมื่อประมาณปีพุทธศักราช 2350 โดยราษฎรเป็นผู้จัดสร้าง อยู่ในเขตอำเภอพระโขนง จังหวัดพระนครในสมัยนั้น ทิศตะวันออกจรดคลองเตย (ที่เรียกว่าคอลงเตย เพราะเดิมสองฟากฝั่งคลอง เต็มไปด้วยต้นเตย ชาวบ้านจึงนิยมพายเรือมาเก็บใบเตยนำไปใช้ประกอบในส่วนของขนมไทย ปัจจุบันถูกถมทับเป็นบ้านเรือนประชาชนเกือบทั้งหมด) ทิศเหนือ ทิศตะวันตก และทิศใต้จรดคลังน้ำมันเชลล์ มีพื้นที่ทั้งหมดประมาณ 12 ไร่ เคยเป็นที่ตั้งของสโมสรไลออนส์ดุสิต กรุงเทพฯ และเป็นที่ตั้งฝ่ายสาธารณสุข เทศบาลนครกรุงเทพ ปัจจุบันเหลือเพียงโรงเรียนวัดคลองเตยตั้งอยู่ในบริเวญข้างวัดเท่านั้น
อดีตท่านเจ้าอาวาส
พระครูธีราภินันท์
ชุบ รุ่งเรือง (หลวงปู่ชุบ)
เท่าที่ปรากฎตามหลักฐานทางประวัติศาสตร์ในช่วงต้น เมื่อครั้งเริ่มก่อสร้าง มีท่านอดีตเจ้าอาวาส ดังรายนามต่อไปนี้ คือ
- 1. พระอาจารย์ทอง
- 2. พระอาจารย์เอก
- 3. พระอาจารย์บาง
- 4. พระครูธีราภินันท์ (เมี้ยน กลิ่นรื่น)
- 5. พระครูธีราภินันท์ ชุบ รุ่งเรือง (หลวงปู่ชุบ)
ท่านเจ้าอาวาสองค์ปัจจุบัน
พระสุนทรกิจจาภิวัฒน์
เจ้าคณะเขตคลองเตย
เจ้าอาวาสวัดคลองเตยใน
ครั้นเมื่อหลวงปู่ชุบ มรณภาพลง พระครูวิมลกิตติสาร (ปัจจุบันได้รับพระราชทานสมณศักดิ์เป็นพระราชาคณะที่ พระสุนทรกิจจาภิวัฒน์) ซึ่งเป็นรองเจ้าอาวาสในสมัยนั้น จึงขึ้นเป็นเจ้าอาวาสวัดคลองเตยใน จนถึงปัจจุบัน