วัดคลองเตยใน ถูกสร้างขึ้นเมื่อประมาณปีพุทธศักราช 2350 โดยราษฎรเป็นผู้จัดสร้าง อยู่ในเขตอำเภอพระโขนง จังหวัดพระนครในสมัยนั้น ทิศตะวันออกจรดคลองเตย (ที่เรียกว่าคอลงเตย เพราะเดิมสองฟากฝั่งคลอง เต็มไปด้วยต้นเตย ชาวบ้านจึงนิยมพายเรือมาเก็บใบเตยนำไปใช้ประกอบในส่วนของขนมไทย ปัจจุบันถูกถมทับเป็นบ้านเรือนประชาชนเกือบทั้งหมด) ทิศเหนือ ทิศตะวันตก และทิศใต้จรดคลังน้ำมันเชลล์ มีพื้นที่ทั้งหมดประมาณ 12 ไร่ เคยเป็นที่ตั้งของสโมสรไลออนส์ดุสิต กรุงเทพฯ และเป็นที่ตั้งฝ่ายสาธารณสุข เทศบาลนครกรุงเทพ ปัจจุบันเหลือเพียงโรงเรียนวัดคลองเตยตั้งอยู่ในบริเวญข้างวัดเท่านั้น

อดีตท่านเจ้าอาวาส

พระครูธีราภินันท์
ชุบ รุ่งเรือง (หลวงปู่ชุบ)

     เท่าที่ปรากฎตามหลักฐานทางประวัติศาสตร์ในช่วงต้น เมื่อครั้งเริ่มก่อสร้าง มีท่านอดีตเจ้าอาวาส ดังรายนามต่อไปนี้ คือ
  • 1. พระอาจารย์ทอง
  • 2. พระอาจารย์เอก
  • 3. พระอาจารย์บาง
  • 4. พระครูธีราภินันท์ (เมี้ยน กลิ่นรื่น)
  • 5. พระครูธีราภินันท์ ชุบ รุ่งเรือง (หลวงปู่ชุบ)
     ในสมัย พระครูธีราภินันท์ (เมี้ยน กลิ่นรื่น) ได้มีการจัดสร้างพระอุโบสถหลังใหม่ขึ้น เมื่อพุทธศักราช 2478 หลังจากท่านได้มรณภาพไปแล้ว พระครูธีราภินันท์ ชุบ รุ่งเรือง (หลวงปู่ชุบ) ขึ้นเป็นเจ้าอาวาสสืบต่อจากหลวงปู่เมี้ยน

ท่านเจ้าอาวาสองค์ปัจจุบัน

พระสุนทรกิจจาภิวัฒน์
เจ้าคณะเขตคลองเตย
เจ้าอาวาสวัดคลองเตยใน

     ครั้นเมื่อหลวงปู่ชุบ มรณภาพลง พระครูวิมลกิตติสาร (ปัจจุบันได้รับพระราชทานสมณศักดิ์เป็นพระราชาคณะที่ พระสุนทรกิจจาภิวัฒน์) ซึ่งเป็นรองเจ้าอาวาสในสมัยนั้น จึงขึ้นเป็นเจ้าอาวาสวัดคลองเตยใน จนถึงปัจจุบัน